There is an increasing interest in analyzing cytometry data with R. R is not intuitive and the learning curve is not fast. But there are rewards: You can easily repeat and tweak an analysis because the analysis is a script, that is a text file with commands to run and achieve the analysis. This is […]
En anglais.
Here we show how to install packages and how to carry out a panel harmonization. Installation Only once per R installation, i.e. whenever you install a new version of R. # 2020-05-11: tested with R4.0.0 # 2020-03-24: update the github location of cytulis library(devtools) # cytutils is installed by the next command # install_github(“ismmshimc/cytutils”) # […]
Un peu présomptueux comme titre, mais l’objet est bien de définir une partie des compétences en bioinfo. Ce post s’adresse éventuellement aux bioinfos, mais plutôt aux autres qui souhaiteraient le devenir ou faire un pas en leur direction. Au coeur du métier, il y a la “bio” : c’est d’une étude scientifique que proviennent la […]
Les fichiers IMD contiennent l’acquisition des évènements dans un CyTOF. C’est un format brut, notant la présence de métal rare sur le détecteur du spectromètre. C’est un format très peu compact à partir duquel un fichier FCS classique va être extrait. Il est donc intéressant de compresser les fichiers IMD et de les effacer ensuite. […]
Nous venons d’achever la formation. Celle-ci clôture le cycle du passeport de Cytométrie. Cette formation Inserm inter-région a proposé un programme riche avec la pratique de plusieurs logiciels (Tableau Desktop/Prep , CIPHold/scaffold, cytofkit, citrus, MeV, Excel, R) pour réaliser l’analyse avancée des données de cytométrie. Le programme et les heureux participants sont ici.
Nous venons d’achever la 2e session de la formation nationale. Celle-ci clôture le cycle du passeport de Cytométrie. Cette formation Inserm inter-région a proposé un programme riche avec la pratique de plusieurs logiciels (Tableau desktop, CIPHold/scaffold, cytofkit, citrus, MeV, Excel, R) pour réaliser l’analyse avancée des données de cytométrie. Le programme et les heureux participants […]
Interprétation des sorties de citrus Comment interpréter ce graphe ? Ce graphe se rapporte au calcul de prédiction. Citrus détermine en effet un modèle (ie une combinaison) de caractéristiques issues/mesurées sur les cellules afin de réaliser la meilleure séparation entre 2 groupes de patients par exemple. Citrus effectue en plus une validation croisée pour établir […]
Quelle configuration ordinateur choisir pour analyser les données vraiment multi-paramétriques ? Processeur, RAM, disque, carte graphique… autant de choix possibles. En 2019, les points clés sont : – un processeur rapide, car les calculs peuvent être gourmands ; souvent une partie des calculs n’est pas parallélisé (donc n’utilise qu’un seul coeur), et il est intéressant […]
Le 21 Mai a lieu une présentation de l’Hyperion à l’IPC. Cette technologie allie l’ablation laser à la cytométrie. Il est ainsi possible de reconstituer une image d’une coupe de tissu avec le marquage de plusieurs dizaines de molécules en même temps !
