Les fichiers IMD contiennent l’acquisition des évènements dans un CyTOF. C’est un format brut, notant la présence de métal rare sur le détecteur du spectromètre. C’est un format très peu compact à partir duquel un fichier FCS classique va être extrait. Il est donc intéressant de compresser les fichiers IMD et de les effacer ensuite. On note un réduction de taille de fichier d’un facteur 10 à 50 selon les algorithmes utilisés. Voilà donc comment désengorger le disque du CyTOF et réduire le volume des copies de sauvegarde.
NB : la compression qui est mise en oeuvre est sans perte : la décompression restitue exactement le fichier originel.
NB : la compression est un processus de calcul intensif. Si vous la réalisez sur l’ordinateur d’acquisition, il faut absolument éviter de la réaliser en même temps qu’une acquisition.
Voici une liste de scripts qui simplifient la tâche de compression, avec un éventuel backup (point important de la sécurité des données).
7Zip-IMD-Batch (J. Mahoney, Belfast) script Windows basé sur le logiciel gratuit 7Z, effectuant seulement la compression.
cytof-backer-upper (Z. Bjornson, NolanLab) script python effectuant aussi le backup vers un serveur distant.