J. Desfrançois organise pour la plate-forme Cytocell une journée de formation “outils d’analyse avancés en cytométrie”. Camille, Quentin et Samuel sont formateurs à cette journée. Le programme est divisé en présentations magistrales le matin et ateliers pratiques l’après-midi. Avec les présentations d’Olivier Molendi Costes Unsupervised data analysis unsing Cytofkit and Cytobank et de Benoit Dupont FlowSOM, Spade and Kaluza, la journée sera riche…

Camille présente les Tableaux Croisés Dynamiques sous Excel et l’utilisation du logiciel Tableau. Elle animera une session pratique qui vous permettra de synthétiser les pourcentages extraits de l’analyse de plusieurs fichiers FCS, en évitant les copier/coller et le recours à des formules.
Pour l’atelier, il faudra avoir installé Microsoft Excel sur son ordinateur et il serait souhaitable de télécharger Tableau Desktop, qui offre une licence gratuite de 15 jours:
https://www.tableau.com/fr-fr/products/trial

Quentin présente R-tools for supervised data analysis (OpenCyto/Scaffold). Il montrera et vous accompagnera dans l’utilisation d’outils R avec une interface graphique.
Pour l’atelier, il faudra avoir installé R, RStudio et les packages OpenCyto, Scaffold.

Samuel présente Integrative Data analysis using MEV. Il vous montrera comment organiser un tableau de pourcentages, importer et traiter ces données, et effectuer des analyses supervisées et non supervisées.
Pour l’atelier, il faudra avoir installé et exécuté une fois Multi Experiment Viewer. MEV ne nécessite pas de droits d’administrateur pour son installation. Mais il s’avère que les anti-virus sont de plus en plus restrictifs…
Nous verrons aussi l’outil check-design qui permet d’automatiser les tests statistiques qui seraient classiquement effectués avec GraphPad Prism par exemple. Pas d’installation, l’outil est en ligne, avec un fichier de démo.

Nos présentations sont disponibles ci-dessous. Pensez à nous citer si vous les réutilisez même partiellement.
Camille Tableaux Croisés Dynamiques TCD Excel TCD Tableau
Quentin Outils R d’analyse de fichiers FCS OpenCyto-Scaffold atelier_opencyto
Samuel Introduction aux outils d’analyse
Samuel Analyse de pourcentages avec MeV

Des formations sont prévues à Marseille, Lille et Lyon. N’hésitez pas à vous inscrire.

Pour toutes questions, notamment d’installation, merci de nous contacter par mail.
Camille camille.santa-maria _at_ inserm.fr
Quentin quentin.barbier _at_ inserm.fr
Samuel samuel.granjeaud _at_ inserm.fr