- Cytofkit est libre de droit et est facilement installable.
Ils vous faut installer Rstudio puis entrer qq lignes de commande et tout s’installe automatiquement. Toutes les lignes de commandes à saisir sont écrites ici:
https://github.com/JinmiaoChenLab/cytofkit
Une interface graphique (GUI) vous permet de charger vos fichiers sans connaître la moindre commande R.
Visualiser les résultats se fait via une application Shiny à travers votre navigateur. Les méthodes de visualisation disponibles sont tSNE (donc viSNE), PCA, IsoMAP
- Scaffold, Citrus et FlowSOM sont aussi gratuits et nécessitent R:
https://github.com/nolanlab/scaffold
- Pour SPADE et VISNE, vous pouvez y avoir accès sous Inserm Cytobank
https://inserm.cytobank.org/cytobank/login
Après validation de votre inscription, vous avez accès à SPADE/viSNE/Citrus gratuitement pendant un mois, par la suite il faut payer une licence annuelle.
- SPADE est aussi dispo gratuitement en version compilée matlab ici: