Dès maintenant, nous proposons et mettons à la disposition de tous des outils que nous utilisons. Ces outils sont regroupés en différentes thématiques selon le type de données d’intérêt. Grâce à Shiny, ces différents outils R sont disponibles au travers d’une interface Web conviviale.
Nous avons regroupé les outils en trois sections selon l’étape du traitement :
- Le pré-traitement FCS est parfois nécessaire avant le fenêtrage manuel ou automatique.
- L’analyse des pourcentages consiste à déterminer les populations qui ont un pourcentage dont la variation est liée à la question posée par l’expérience.
- L’analyse statistique automatisée d’un petit nombre de populations versus les paramètres bio-cliniques.
Pré-traitements FCS
Nous utilisons différents outils pour retraiter les fichiers FCS.
fcs-debarcode
sépare des fichiers FCS en fonction d’un barcode réalisé dans 2 canaux
fcs-label-channels
renomme les canaux d’un fichier FCS, i.e. le nom du canal et sa description
fcs-reduce-file
réduit la taille d’un fichier en réalisant une fenêtre sur l’axe du temps, soit pour conserver la partie intéressante de l’acquisition et éliminer d’éventuels artefact en début et/ou fin de tube, soit pour accélérer le calcul et la validation des compensations
Analyses statistiques
check-design
effectue une étude d’association des paramètres mesurées sur des indivdus. Pour les études cliniques notamment, il peut être utile d’analyser les caractéristiques connues a priori. Après l’expérience, il est souvent intéressant d’identifier toutes les caractéristiques qui sont associés aux paramètres mesurés
survie
établit une courbe de survie en indiquant le nombre de cas et en calculant la P-value du test de LogRank