Voici par où commencer pour apprendre R, comprendre les scripts R dans le but d’analyser des données de cytométrie.
Christopher Hall fournit de bonnes ressources pour commencer et progresser
- R handout.pdf de zéro à R basics pour visualiser, gate, tSNE…
- R flow cytometry course
- Scripts pour la cytométrie
Lukas Weber fournit des scripts simples, Rtsne-example and FlowSOM-Rtsne-example, et des scripts du CyTOF-workshop-2017.
Johannes Hellmuth propose un script pour réaliser une analyse basée sur une stratégie de gating.
Nello Blaser fournit les scripts permettant de créer les diapositives utilisées dans le cours R for cytometry qui s’est tenu au printemps 2018 à l’hôpital universitaire de Haukeland. Le cours comprenait la configuration de R, l’affichage des cellules en histogramme et en bi-paramétrique, le téléchargement et l’envoi de fichiers FCS et de gates manuelles depuis et vers CytoBank, le chargement et l’enregistrement de fichiers FCS, l’utilisation de différents algorithmes de clustering, tSNE, la régression lasso.
Sofie Van Gassen et Helena Toddorov ont dispensé un cours dans le cadre de workshops FlowSOM.
En 2013, R. Brinkman a présenté un cours “Flow Cytometry Data Analysis using R” d’analyse des données de cytométrie en flux à l’aide de R, ce qui donne un aperçu de la situation à l’époque.
[…] Vous n’avez pas besoin d’apprendre à écrire des scripts à partir de zéro. Il suffit d’être capable de lire du code et d’ajuster des paramètres. Plus vous pratiquerez, plus vous apprendrez, plus vous vous sentirez sûr de vous, plus vous maîtriserez un package puissant (cf cours). […]