L’analyse des données de cytométrie avec R suscite un intérêt croissant. R n’est pas intuitif et la courbe d’apprentissage n’est pas rapide. Mais il y a des avantages :

  • Vous pouvez facilement répéter et modifier une analyse parce que l’analyse est un script, c’est-à-dire un fichier texte contenant des commandes pour exécuter et réaliser l’analyse. Cela est particulièrement vrai lorsqu’on utilise des documents R MarkDown qui donnent lieu à un rapport HTML.
  • Beaucoup (peut-être trop maintenant) de personnes ont rendu leurs scripts et pipelines disponibles (cf workflows).
  • Votre analyse devient conforme aux principes FAIR : Trouvable, Accessible, Interopérable, Réutilisable. Et la transparence améliore la science.
  • Vous n’avez pas besoin d’apprendre à écrire des scripts à partir de zéro. Il suffit d’être capable de lire du code et d’ajuster des paramètres. Plus vous pratiquerez, plus vous apprendrez, plus vous vous sentirez sûr de vous, plus vous maîtriserez un package puissant (cf cours).

Il existe des interfaces utilisateur graphiques (GUI) pour R. Elles sont généralement livrées sous la forme d’une application Shiny qui est un code R divisé en 2 parties, l’interface utilisateur (UI) et le serveur (c’est-à-dire le traitement), comme les applications serveur/client classiques sur le web. L’interface utilisateur est une interface web disponible dans votre navigateur web. Le serveur interagit avec l’interface utilisateur (les choix/saisies de l’utilisateur) et la met à jour en ajoutant les résultats (graphiques, tableaux…) du calcul.

Malgré les efforts, il n’existe pas d’interface utilisateur graphique R aussi interactive et intégrée que celles des logiciels commerciaux qui fonctionnent sur votre ordinateur (hors ligne) ou sur le Web (en ligne). Les logiciels hors ligne utilisent la puissance de votre ordinateur : a) la mémoire (RAM, Go) et le processeur (CPU, cœurs, GHz) sont les ressources limitatives pour le calcul, b) les fichiers FCS ne quittent pas l’ordinateur. Les logiciels en ligne utilisent un navigateur Web et les calculs sont effectués dans le cloud : a) la mémoire et le processeur ne sont généralement pas une limite, b) les fichiers FCS sont envoyés dans le cloud et les résultats doivent être récupérés une fois les calculs terminés. Les logiciels en ligne offrent généralement de bons outils de collaboration.

RStudio est un environnement de développement intégré pour R. Ce logiciel présente les informations utiles d’une analyse en cours. RStudio est la bonne interface pour commencer à utiliser R. Il existe des vidéos pour un démarrage en douceur de RStudio. Une présentation courte est disponible sur ThinkR.