Par où débuter ? Cette question est centrale pour l’expérimentaliste ou spécialiste de la cytométrie qui a envie d’analyser ses données avec les nouvelles approches et les nouveaux outils que l’on voit dans toutes les publications maintenant. Le premier point est déjà de bien comprendre l’information qui est présentée sur un graphique, comment elle se […]
L’analyse des données de cytométrie avec R suscite un intérêt croissant. R n’est pas intuitif et la courbe d’apprentissage n’est pas rapide. Mais il y a des avantages : Vous pouvez facilement répéter et modifier une analyse parce que l’analyse est un script, c’est-à-dire un fichier texte contenant des commandes pour exécuter et réaliser l’analyse. […]
Voici par où commencer pour apprendre R, comprendre les scripts R dans le but d’analyser des données de cytométrie. Christopher Hall fournit de bonnes ressources pour commencer et progresser R handout.pdf de zéro à R basics pour visualiser, gate, tSNE… R flow cytometry course Scripts pour la cytométrie Lukas Weber fournit des scripts simples, Rtsne-example […]
Les principaux workflows avec lesquels commencer sont : le pipeline de Nowicka et al. du labo de Mark Robinson. l’abécédaire de BioSurf pour le data scientist (R pipeline). Voir aussi le précieux abécédaire pour le cytométriste. Le laboratoire de Mark Robinson développe d’excellent packages et workflows: CATALYST (Cytometry dATa anALYSis Tools) permet le Preprocessing et […]
En anglais.
Interprétation des sorties de citrus Comment interpréter ce graphe ? Ce graphe se rapporte au calcul de prédiction. Citrus détermine en effet un modèle (ie une combinaison) de caractéristiques issues/mesurées sur les cellules afin de réaliser la meilleure séparation entre 2 groupes de patients par exemple. Citrus effectue en plus une validation croisée pour établir […]
Nous revisitons cytofkit en ligne de commandes. Nous allons définir un script pour effectuer les différentes étapes et affiner les paramètres. Le point de départ est la documentation pas à pas de cytofkit 1.11.3 disponible sous Bioconductor 3.7. Commentaires à venir… ## Run with Commands (Step-by-Step) This is a MarkDown document. If you follow it […]
Les fichiers FCS exportés de FlowJo sont parfois incorrects : ils ne contiennent pas les mots clés $BEGINDATA et/ou $ENDDATA imposés par le standard FCS 3.0. De ce fait, ces fichiers ne sont pas compatibles avec CytoBank par exemple. Comment résoudre ce problème ? On va utiliser quelques lignes de R pour lire le fichier […]
La majorité des outils qui sont développés actuellement le sont sous R. L’installation de R s’accompagne de l’installation d’outils qui permettront d’utiliser les dernières versions de chaque outil. Installation L’installation comporte deux parties : une première où il est recommandé d’agir en tant qu’administrateur de la machine, une seconde où les droits d’utilisateur suffisent. Pour […]
Principe Citrus réalise une analyse supervisée en utilisant plusieurs individus. Les individus forment des groupes distincts (comparaison de 2 groupes ou plus, style t-test ou ANOVA) ou sont associés à une variable continue (dosage ou survie). L’objectif de citrus est déterminer des ensembles de cellules qui sont reliés au regroupement ou à la variable continue. […]
