There are many packages on Bioconductor, CRAN and GitHub to build and improve workflows. Here are the essentials. Rafael Gottardo leads a fabulous team (Greg Finak, Mike Jiang, Jake Wagner) that develops the core packages for flow cytometry. These packages provide examples (vignettes). Looking at the results of those packages is valuable, at least to […]
En anglais.
Un peu présomptueux comme titre, mais l’objet est bien de définir une partie des compétences en bioinfo. Ce post s’adresse éventuellement aux bioinfos, mais plutôt aux autres qui souhaiteraient le devenir ou faire un pas en leur direction. Au coeur du métier, il y a la “bio” : c’est d’une étude scientifique que proviennent la […]
Les fichiers IMD contiennent l’acquisition des évènements dans un CyTOF. C’est un format brut, notant la présence de métal rare sur le détecteur du spectromètre. C’est un format très peu compact à partir duquel un fichier FCS classique va être extrait. Il est donc intéressant de compresser les fichiers IMD et de les effacer ensuite. […]
Interprétation des sorties de citrus Comment interpréter ce graphe ? Ce graphe se rapporte au calcul de prédiction. Citrus détermine en effet un modèle (ie une combinaison) de caractéristiques issues/mesurées sur les cellules afin de réaliser la meilleure séparation entre 2 groupes de patients par exemple. Citrus effectue en plus une validation croisée pour établir […]
Les 24 et 25 Avril, conjointement, le CIML, le CRCM et Ciphe ont organisé une session de présentation et de pratique de SeqGeq à Marseille. Christoph Freier de FlowJo LLC (Becton, Dickinson and Company) a passé une journée sur le site de Luminy et une sur le site l’IPC. La présentation a consisté en une démonstration […]
Nous revisitons cytofkit en ligne de commandes. Nous allons définir un script pour effectuer les différentes étapes et affiner les paramètres. Le point de départ est la documentation pas à pas de cytofkit 1.11.3 disponible sous Bioconductor 3.7. Commentaires à venir… ## Run with Commands (Step-by-Step) This is a MarkDown document. If you follow it […]
Les fichiers FCS exportés de FlowJo sont parfois incorrects : ils ne contiennent pas les mots clés $BEGINDATA et/ou $ENDDATA imposés par le standard FCS 3.0. De ce fait, ces fichiers ne sont pas compatibles avec CytoBank par exemple. Comment résoudre ce problème ? On va utiliser quelques lignes de R pour lire le fichier […]
La majorité des outils qui sont développés actuellement le sont sous R. L’installation de R s’accompagne de l’installation d’outils qui permettront d’utiliser les dernières versions de chaque outil. Installation L’installation comporte deux parties : une première où il est recommandé d’agir en tant qu’administrateur de la machine, une seconde où les droits d’utilisateur suffisent. Pour […]
Principe Citrus réalise une analyse supervisée en utilisant plusieurs individus. Les individus forment des groupes distincts (comparaison de 2 groupes ou plus, style t-test ou ANOVA) ou sont associés à une variable continue (dosage ou survie). L’objectif de citrus est déterminer des ensembles de cellules qui sont reliés au regroupement ou à la variable continue. […]
