In a FCS file, the count of cells is written in the HEADER. In the DATA segment of the FCS file, the measurements table is written and its count of cells should match the count of the header. When the read.FCS function of the flowCore package detects that counts are not the same, it stops […]
L’analyse des données de cytométrie avec R suscite un intérêt croissant. R n’est pas intuitif et la courbe d’apprentissage n’est pas rapide. Mais il y a des avantages : Vous pouvez facilement répéter et modifier une analyse parce que l’analyse est un script, c’est-à-dire un fichier texte contenant des commandes pour exécuter et réaliser l’analyse. […]
Voici par où commencer pour apprendre R, comprendre les scripts R dans le but d’analyser des données de cytométrie. Christopher Hall fournit de bonnes ressources pour commencer et progresser R handout.pdf de zéro à R basics pour visualiser, gate, tSNE… R flow cytometry course Scripts pour la cytométrie Lukas Weber fournit des scripts simples, Rtsne-example […]
Les principaux workflows avec lesquels commencer sont : le pipeline de Nowicka et al. du labo de Mark Robinson. l’abécédaire de BioSurf pour le data scientist (R pipeline). Voir aussi le précieux abécédaire pour le cytométriste. Le laboratoire de Mark Robinson développe d’excellent packages et workflows: CATALYST (Cytometry dATa anALYSis Tools) permet le Preprocessing et […]
There are many packages on Bioconductor, CRAN and GitHub to build and improve workflows. Here are the essentials. Rafael Gottardo leads a fabulous team (Greg Finak, Mike Jiang, Jake Wagner) that develops the core packages for flow cytometry. These packages provide examples (vignettes). Looking at the results of those packages is valuable, at least to […]
Nous revisitons cytofkit en ligne de commandes. Nous allons définir un script pour effectuer les différentes étapes et affiner les paramètres. Le point de départ est la documentation pas à pas de cytofkit 1.11.3 disponible sous Bioconductor 3.7. Commentaires à venir… ## Run with Commands (Step-by-Step) This is a MarkDown document. If you follow it […]
Les fichiers FCS exportés de FlowJo sont parfois incorrects : ils ne contiennent pas les mots clés $BEGINDATA et/ou $ENDDATA imposés par le standard FCS 3.0. De ce fait, ces fichiers ne sont pas compatibles avec CytoBank par exemple. Comment résoudre ce problème ? On va utiliser quelques lignes de R pour lire le fichier […]
La majorité des outils qui sont développés actuellement le sont sous R. L’installation de R s’accompagne de l’installation d’outils qui permettront d’utiliser les dernières versions de chaque outil. Installation L’installation comporte deux parties : une première où il est recommandé d’agir en tant qu’administrateur de la machine, une seconde où les droits d’utilisateur suffisent. Pour […]