L’analyse des données de cytométrie avec R suscite un intérêt croissant. R n’est pas intuitif et la courbe d’apprentissage n’est pas rapide. Mais il y a des avantages : Vous pouvez facilement répéter et modifier une analyse parce que l’analyse est un script, c’est-à-dire un fichier texte contenant des commandes pour exécuter et réaliser l’analyse. […]
Les principaux workflows avec lesquels commencer sont : le pipeline de Nowicka et al. du labo de Mark Robinson. l’abécédaire de BioSurf pour le data scientist (R pipeline). Voir aussi le précieux abécédaire pour le cytométriste. Le laboratoire de Mark Robinson développe d’excellent packages et workflows: CATALYST (Cytometry dATa anALYSis Tools) permet le Preprocessing et […]