Les 24 et 25 Avril, conjointement, le CIML, le CRCM et Ciphe ont organisé une session de présentation et de pratique de SeqGeq à Marseille. Christoph Freier de FlowJo LLC (Becton, Dickinson and Company) a passé une journée sur le site de Luminy et une sur le site l’IPC. La présentation a consisté en une démonstration des fonctionnalités sur un jeu de données publiées. L’après-midi pratique a permis à 10 binômes de réaliser (ou commencer) l’analyse de ses propres données. Autant dire de nombreuses questions en début de session. Au final, beaucoup d’intérêt pour SeqGeq qui répond à une grande partie des attentes des chercheurs pour débuter l’analyse de données single cell RNA seq. Ci-joint le diaporama (SGv1.1.0) de Christoph et le plugin Monocle. Pour des informations complémentaires, contactez Christoph P. Freier – PharmD/PhD, Manager Sales Application Consulting – Informatics BD Life Sciences à christoph.freier at bd.com.
Le 23 Avril, P. Milpied a donné un séminaire sur ses recherches et ses développements scRNAseq, très intéressant et très pédagogique : “Single-cell analyses of normal and malignant germinal center B cells”.
Une semaine riche pour le single cell. A venir, une journée Single Cell au CIML, le 04 Juin…
Merci à tous les organisateurs, Anaïs, Sara, Pierre, Samuel…
Pour la pratique
A noter, le format des fichiers acceptés par SeqGeq est soit un fichier CSV, soit le trio de fichiers en sortie de CellRanger. Ghislain Bidaut a validé l’exportation du résultat CellRanger vers CSV. Donc vous devez disposer de données au minimum d’un dossier contenant les fichiers pour le pipeline Seurat ou directement d’un fichier CSV. Contactez-nous pour cette étape si vous avez des problèmes.
Enfin pour utiliser le logiciel, il faut créer un compte pour activer une démo de 60 jours. Merci de bien vouloir suivre la procédure au bas de la page https://www.flowjo.com/solutions/seqgeq/free-trial. Merci d’installer le logiciel SeqGeq au préalable sur votre portable. Le téléchargement se trouve sur la même page. SeqGeq dispose de jeux de données test pour commencer à se faire la main si vous n’en avez pas.
Flyer CRCM
