In a FCS file, the count of cells is written in the HEADER. In the DATA segment of the FCS file, the measurements table is written and its count of cells should match the count of the header. When the read.FCS function of the flowCore package detects that counts are not the same, it stops […]
Nous venons d’achever la formation qui clôture le cycle du passeport de Cytométrie. Cette formation Inserm inter-région a proposé un programme riche sur 2 jours en distanciel avec la pratique de plusieurs logiciels (cytobank, cytofkit, citrus). L’objectif pratique était réaliser une analyse avancée des données de cytométrie multi-paramétrique. L’objectif théorique était de connaître les différentes […]
Par où débuter ? Cette question est centrale pour l’expérimentaliste ou spécialiste de la cytométrie qui a envie d’analyser ses données avec les nouvelles approches et les nouveaux outils que l’on voit dans toutes les publications maintenant. Le premier point est déjà de bien comprendre l’information qui est présentée sur un graphique, comment elle se […]
L’analyse des données de cytométrie avec R suscite un intérêt croissant. R n’est pas intuitif et la courbe d’apprentissage n’est pas rapide. Mais il y a des avantages : Vous pouvez facilement répéter et modifier une analyse parce que l’analyse est un script, c’est-à-dire un fichier texte contenant des commandes pour exécuter et réaliser l’analyse. […]
Voici par où commencer pour apprendre R, comprendre les scripts R dans le but d’analyser des données de cytométrie. Christopher Hall fournit de bonnes ressources pour commencer et progresser R handout.pdf de zéro à R basics pour visualiser, gate, tSNE… R flow cytometry course Scripts pour la cytométrie Lukas Weber fournit des scripts simples, Rtsne-example […]
Les principaux workflows avec lesquels commencer sont : le pipeline de Nowicka et al. du labo de Mark Robinson. l’abécédaire de BioSurf pour le data scientist (R pipeline). Voir aussi le précieux abécédaire pour le cytométriste. Le laboratoire de Mark Robinson développe d’excellent packages et workflows: CATALYST (Cytometry dATa anALYSis Tools) permet le Preprocessing et […]
There are many packages on Bioconductor, CRAN and GitHub to build and improve workflows. Here are the essentials. Rafael Gottardo leads a fabulous team (Greg Finak, Mike Jiang, Jake Wagner) that develops the core packages for flow cytometry. These packages provide examples (vignettes). Looking at the results of those packages is valuable, at least to […]
There are many packages on Bioconductor, CRAN and GitHub to build and improve workflows. Here are the essentials. Rafael Gottardo leads a fabulous team (Greg Finak, Mike Jiang, Jake Wagner) that develops the core packages for flow cytometry. These packages provide examples (vignettes). Looking at the results of those packages is valuable, at least to […]
Main workflows to start with are: the pipeline from Nowicka et al. from Mark Robinson’s lab. the primer of BioSurf for the data scientist (R pipeline). See also the valuable primer for the cytometrist. Mark Robinson’s lab does a great job developing package and workflows: CATALYST (Cytometry dATa anALYSis Tools) allows Preprocessing and Differential discovery. […]
Here is the place to start with R with the goal to analyze cytometry data. Christopher Hall provides nice resources to start and improve R handout.pdf from zero to R basics to visualize, gate, tSNE… R flow cytometry course Scripts for cytometry Lukas Weber provides simple scripts, Rtsne-example and FlowSOM-Rtsne-example, and scripts from a CyTOF-workshop-2017. Nello Blaser […]