L’analyse des données de cytométrie avec R suscite un intérêt croissant. R n’est pas intuitif et la courbe d’apprentissage n’est pas rapide. Mais il y a des avantages : Vous pouvez facilement répéter et modifier une analyse parce que l’analyse est un script, c’est-à-dire un fichier texte contenant des commandes pour exécuter et réaliser l’analyse. […]
Voici par où commencer pour apprendre R, comprendre les scripts R dans le but d’analyser des données de cytométrie. Christopher Hall fournit de bonnes ressources pour commencer et progresser R handout.pdf de zéro à R basics pour visualiser, gate, tSNE… R flow cytometry course Scripts pour la cytométrie Lukas Weber fournit des scripts simples, Rtsne-example […]
Les principaux workflows avec lesquels commencer sont : le pipeline de Nowicka et al. du labo de Mark Robinson. l’abécédaire de BioSurf pour le data scientist (R pipeline). Voir aussi le précieux abécédaire pour le cytométriste. Le laboratoire de Mark Robinson développe d’excellent packages et workflows: CATALYST (Cytometry dATa anALYSis Tools) permet le Preprocessing et […]
There are many packages on Bioconductor, CRAN and GitHub to build and improve workflows. Here are the essentials. Rafael Gottardo leads a fabulous team (Greg Finak, Mike Jiang, Jake Wagner) that develops the core packages for flow cytometry. These packages provide examples (vignettes). Looking at the results of those packages is valuable, at least to […]
Nous venons d’achever la formation qui clôture le cycle du passeport de Cytométrie. Cette formation Inserm inter-région a proposé un programme riche sur 2 jours en distanciel avec la pratique de plusieurs logiciels (cytobank, cytofkit, citrus). L’objectif pratique était réaliser une analyse avancée des données de cytométrie multi-paramétrique. L’objectif théorique était de connaître les différentes […]
Par où débuter ? Cette question est centrale pour l’expérimentaliste ou spécialiste de la cytométrie qui a envie d’analyser ses données avec les nouvelles approches et les nouveaux outils que l’on voit dans toutes les publications maintenant. Le premier point est déjà de bien comprendre l’information qui est présentée sur un graphique, comment elle se […]
Nous venons d’achever la formation. Celle-ci clôture le cycle du passeport de Cytométrie. Cette formation Inserm inter-région a proposé un programme riche avec la pratique de plusieurs logiciels (Tableau Desktop/Prep , CIPHold/scaffold, cytofkit, citrus, MeV, Excel, R) pour réaliser l’analyse avancée des données de cytométrie. Le programme et les heureux participants sont ici.
Nous venons d’achever la 2e session de la formation nationale. Celle-ci clôture le cycle du passeport de Cytométrie. Cette formation Inserm inter-région a proposé un programme riche avec la pratique de plusieurs logiciels (Tableau desktop, CIPHold/scaffold, cytofkit, citrus, MeV, Excel, R) pour réaliser l’analyse avancée des données de cytométrie. Le programme et les heureux participants […]
Le 21 Mai a lieu une présentation de l’Hyperion à l’IPC. Cette technologie allie l’ablation laser à la cytométrie. Il est ainsi possible de reconstituer une image d’une coupe de tissu avec le marquage de plusieurs dizaines de molécules en même temps !
Les fichiers FCS exportés de FlowJo sont parfois incorrects : ils ne contiennent pas les mots clés $BEGINDATA et/ou $ENDDATA imposés par le standard FCS 3.0. De ce fait, ces fichiers ne sont pas compatibles avec CytoBank par exemple. Comment résoudre ce problème ? On va utiliser quelques lignes de R pour lire le fichier […]
