La majorité des outils qui sont développés actuellement le sont sous R. L’installation de R s’accompagne de l’installation d’outils qui permettront d’utiliser les dernières versions de chaque outil. Installation L’installation comporte deux parties : une première où il est recommandé d’agir en tant qu’administrateur de la machine, une seconde où les droits d’utilisateur suffisent. Pour […]
La formation Inserm inter-région a proposé un programme riche avec la pratique de plusieurs logiciels (scaffold, cytofkit, citrus, R et FlowJo) pour réaliser l’analyse avancée des données de cytométrie. Le programme et les heureux participants sont ici.
T. Idziorek et ses collaborateurs organisent à Lille les Journées Pratiques de Formation en Cytométrie (JPFC 2018). Le programme est divisé en présentations magistrales le matin et ateliers pratiques l’après-midi. Merci à eux pour la sélection des conférences plénières, la richesse et la qualité des ateliers pratiques. Samuel Granjeaud a effectué une présentation plénière en 2 […]
Problématique Lorsque les échantillons sont précieux ou qu’ils peuvent servir de contrôles d’une étude à l’autre, il devient intéressant de réutiliser les fichiers FCS de cytométrie de masse pour une nouvelle analyse. Cependant, le panel a souvent légèrement évolué entre les études, et il est nécessaire d’harmoniser, réconcilier ou renommer les canaux et les marqueurs. […]
De nombreux résultats d’expérience sont rendus disponibles lors de la publication d’articles, parfois avant. Ces jeux de données se trouvent principalement sur le dépôt FlowRepository. On en trouve aussi sur CytoBank ou sur un site propre aux auteurs de l’article. Le groupe de MD Robinson a effectué une comparaison de différents logiciels sur un éventail […]
Dans le cadre du Passeport Cytométrie, la formation permanente Inserm organise une formation de 4 jours sur l’analyse avancée en cytométrie. Ciphe et le CRCM vous accueillerons sous le soleil de Juin pour une immersion dans le monde de l’analyse. Renseignez-vous auprès de votre correspondant formation pour les inscriptions. Télécharger l’affiche pour plus de renseignements. […]
J. Desfrançois organise pour la plate-forme Cytocell une journée de formation “outils d’analyse avancés en cytométrie”. Camille, Quentin et Samuel sont formateurs à cette journée. Le programme est divisé en présentations magistrales le matin et ateliers pratiques l’après-midi. Avec les présentations d’Olivier Molendi Costes Unsupervised data analysis unsing Cytofkit and Cytobank et de Benoit Dupont […]
De nombreuses approches cherchent à remplacer le gating manuel par une détection automatique des populations. Le résultat rendu est un ensemble de clusters d’évènements, mais ce ne sont pas en fait des populations de cellules telles que les experts en cytométrie les déterminent lors d’un gating manuel. Le passage de l’un à l’autre est réalisé […]
L’analyse de données de cytométrie comporte de nombreuses approches qui ne répondent pas aux mêmes questions, ce qui rend le domaine complexe. Le schéma suivant résume les différentes approches connues. D’une part, il existe deux niveaux d’entrée selon le type d’information dont on dispose : a) les évènements enregistrés dans les fichiers FCS, b) les […]
Multi Experiment Viewer effectue des pré-traitements, explore les données via le clustering hiérarchique (HCL) et l’analyse en composante principale (ACP), réalise des tests statistiques en masse. Nous avons remis en production cet outil issu de l’analyse du transcriptome. Il est parfaitement adapté au volume de données obtenues en cytométrie de flux. Vous trouverez d’autres informations […]
