Problématique Lorsque les échantillons sont précieux ou qu’ils peuvent servir de contrôles d’une étude à l’autre, il devient intéressant de réutiliser les fichiers FCS de cytométrie de masse pour une nouvelle analyse. Cependant, le panel a souvent légèrement évolué entre les études, et il est nécessaire d’harmoniser, réconcilier ou renommer les canaux et les marqueurs. […]
CytoCompare: an R Package for Computational Comparisons of Cytometry Profiles Cytometry is an experimental technique used to measure molecules expressed by cells at a single cell resolution. Recently, several technological improvements have made possible to greatly increase the number of cell markers that can be simultaneously measured. Many computational methods have been proposed to identify […]
Multi Experiment Viewer effectue des pré-traitements, explore les données via le clustering hiérarchique (HCL) et l’analyse en composante principale (ACP), réalise des tests statistiques en masse. Nous avons remis en production cet outil issu de l’analyse du transcriptome. Il est parfaitement adapté au volume de données obtenues en cytométrie de flux. Vous trouverez d’autres informations […]
Cytofkit est libre de droit et est facilement installable. Ils vous faut installer Rstudio puis entrer qq lignes de commande et tout s’installe automatiquement. Toutes les lignes de commandes à saisir sont écrites ici: https://github.com/JinmiaoChenLab/cytofkit Une interface graphique (GUI) vous permet de charger vos fichiers sans connaître la moindre commande R. Visualiser les résultats se […]