Interprétation des sorties de citrus Comment interpréter ce graphe ? Ce graphe se rapporte au calcul de prédiction. Citrus détermine en effet un modèle (ie une combinaison) de caractéristiques issues/mesurées sur les cellules afin de réaliser la meilleure séparation entre 2 groupes de patients par exemple. Citrus effectue en plus une validation croisée pour établir […]
Citrus
Principe Citrus réalise une analyse supervisée en utilisant plusieurs individus. Les individus forment des groupes distincts (comparaison de 2 groupes ou plus, style t-test ou ANOVA) ou sont associés à une variable continue (dosage ou survie). L’objectif de citrus est déterminer des ensembles de cellules qui sont reliés au regroupement ou à la variable continue. […]
CytoCompare
CytoCompare: an R Package for Computational Comparisons of Cytometry Profiles Cytometry is an experimental technique used to measure molecules expressed by cells at a single cell resolution. Recently, several technological improvements have made possible to greatly increase the number of cell markers that can be simultaneously measured. Many computational methods have been proposed to identify […]
Premiers outils à installer
Cytofkit est libre de droit et est facilement installable. Ils vous faut installer Rstudio puis entrer qq lignes de commande et tout s’installe automatiquement. Toutes les lignes de commandes à saisir sont écrites ici: https://github.com/JinmiaoChenLab/cytofkit Une interface graphique (GUI) vous permet de charger vos fichiers sans connaître la moindre commande R. Visualiser les résultats se […]