Un peu présomptueux comme titre, mais l’objet est bien de définir une partie des compétences en bioinfo. Ce post s’adresse éventuellement aux bioinfos, mais plutôt aux autres qui souhaiteraient le devenir ou faire un pas en leur direction.
Au coeur du métier, il y a la “bio” : c’est d’une étude scientifique que proviennent la question et les données. L’autre partie, c’est l'”info” : c’est les méthodes informatiques pour analyser les données et répondre à la question. L’analyse va mettre en oeuvre des compétences informatiques et statistiques. Bien sûr, le tout s’inscrit dans une approche FAIR.
De mon point de vue, l’ABC c’est apprendre :
- un langage de programmation simple : Python
- l’algorithmique, pour connaître et s’approprier :
- les briques de tout langage : for, if, comparaisons, opérateurs logiques et arithmétiques…
- les structures de données : tableau, dictionnaire…
- afin réaliser un enchaînement logique et commenté d’actions
- les concepts de base de la statistique, en les mettant en application avec R
- à lire et écrire un fichier de données, dans tout langage utilisé
Tout script ou programme va le plus souvent lire des données, les traiter, écrire des résultats. Et probablement enchaîner avec une autre étape Lecture/Traitement/Ecriture, ce qui constitue un pipeline.
Si vous voulez jeter un oeil aux concepts ou vous inscrire à un cours gratuit pour débuter, voici ce qui semble intéressant sur FUN :
Et pour les bioinfos qui auront lu jusqu’ici, l’indispensable pour parfaire votre utilisation de Linux :