Les 24 et 25 Avril, conjointement, le CIML, le CRCM et Ciphe ont organisé une session de présentation et de pratique de SeqGeq à Marseille. Christoph Freier de FlowJo LLC (Becton, Dickinson and Company) a passé une journée sur le site de Luminy et une sur le site l’IPC. La présentation a consisté en une démonstration […]
cytofkit: commandes pas à pas
Nous revisitons cytofkit en ligne de commandes. Nous allons définir un script pour effectuer les différentes étapes et affiner les paramètres. Le point de départ est la documentation pas à pas de cytofkit 1.11.3 disponible sous Bioconductor 3.7. Commentaires à venir… ## Run with Commands (Step-by-Step) This is a MarkDown document. If you follow it […]
1810-News
La nouvelle version de BioConductor est sortie le 31 Octobre : c’est la 3.8. Elle nécessite une version de R 3.5.0 ou plus. Le point important est que la version de flowCore (1.48.0) corrige certains bugs d’écriture de fichiers FCS. Si vous avez eu des bugs d’écriture de fichiers FCS, nous vous encourageons à effectuer […]
Installation R
La majorité des outils qui sont développés actuellement le sont sous R. L’installation de R s’accompagne de l’installation d’outils qui permettront d’utiliser les dernières versions de chaque outil. Installation L’installation comporte deux parties : une première où il est recommandé d’agir en tant qu’administrateur de la machine, une seconde où les droits d’utilisateur suffisent. Pour […]
Formation Marseille Juin 2018
La formation Inserm inter-région a proposé un programme riche avec la pratique de plusieurs logiciels (scaffold, cytofkit, citrus, R et FlowJo) pour réaliser l’analyse avancée des données de cytométrie. Le programme et les heureux participants sont ici.
JFPC Lille 05-06 Juin 2018
T. Idziorek et ses collaborateurs organisent à Lille les Journées Pratiques de Formation en Cytométrie (JPFC 2018). Le programme est divisé en présentations magistrales le matin et ateliers pratiques l’après-midi. Merci à eux pour la sélection des conférences plénières, la richesse et la qualité des ateliers pratiques. Samuel Granjeaud a effectué une présentation plénière en 2 […]
Harmoniser des panels
Problématique Lorsque les échantillons sont précieux ou qu’ils peuvent servir de contrôles d’une étude à l’autre, il devient intéressant de réutiliser les fichiers FCS de cytométrie de masse pour une nouvelle analyse. Cependant, le panel a souvent légèrement évolué entre les études, et il est nécessaire d’harmoniser, réconcilier ou renommer les canaux et les marqueurs. […]
Fomation Marseille 12-15 Juin 2018
Dans le cadre du Passeport Cytométrie, la formation permanente Inserm organise une formation de 4 jours sur l’analyse avancée en cytométrie. Ciphe et le CRCM vous accueillerons sous le soleil de Juin pour une immersion dans le monde de l’analyse. Renseignez-vous auprès de votre correspondant formation pour les inscriptions. Télécharger l’affiche pour plus de renseignements. […]
Formation Nantes 06 Mars 2018
J. Desfrançois organise pour la plate-forme Cytocell une journée de formation “outils d’analyse avancés en cytométrie”. Camille, Quentin et Samuel sont formateurs à cette journée. Le programme est divisé en présentations magistrales le matin et ateliers pratiques l’après-midi. Avec les présentations d’Olivier Molendi Costes Unsupervised data analysis unsing Cytofkit and Cytobank et de Benoit Dupont […]
CytoCompare
CytoCompare: an R Package for Computational Comparisons of Cytometry Profiles Cytometry is an experimental technique used to measure molecules expressed by cells at a single cell resolution. Recently, several technological improvements have made possible to greatly increase the number of cell markers that can be simultaneously measured. Many computational methods have been proposed to identify […]